Struktur dan Dasar Pelaksanaan Tugas :

Berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 373 tahun 2002, struktur organisasi pada MAN Bondowoso antara lain Kepala Madrasah,  Kepala Tata Usaha dan Wakil Kepala Madrasah :

• Kepala Madrasah                 : Ibrahim, S.Ag.,M.PdI
• Kepala Tata Usaha               : Hj. Sri Maharani, S.Pd.I
• Waka. Kurikulum                 : Siti Mutmainnah, S.Pd.
• Waka. Kesiswaan                 : Triana Suprihastini, S.Ag.
• Waka. Humas                      : Ruslani, M.Pd.I
• Waka. SarPras                     : H. Sugi Hariyanto S.Pd

Madrasah Aliyah Negeri Bondowoso Kabupaten Bondowoso dari terbentuknya sampai sekarang ini telah dijabat oleh 6 (enam) orang Kepala MAN. Adapun nama Kepala MAN Bondowoso Kabupaten Bondowosoyang pernah menjabat sebagai berikut :

Secara berturut-turut Kepala MAN Bondowoso sejak penegerian :